故事发生在一个和我们的地球很相似的世界里，那里人们的灵魂变成灵神跟随自己莉拉自幼跟随身为约旦大学校长的叔叔一起生活，她热情、勇敢且富有正义心一天科尔特夫人要到北方去，希望莉拉能伴随身边。好奇的莉拉开心地答应。临行前叔叔交给她一个黄金罗盘，告诉她世界上只有一个人能读懂。莉拉从黄金罗盘中不仅能得到所问问题的答案，还了解到了自己的身世之谜。这一路上，科尔特夫人行为诡异，莉拉还发现在特尔特夫人的一份名单上赫然写着自己失踪朋友罗杰的名字！罗杰和其他孩子一样，被诱拐到极北之地成为科学试验品。莉拉找到时机逃跑出来，自己动身前去拯救罗杰……